نظریه «ولایت فقیه» دارای پشتوانه عقلی و نقلی است. با این حال، عقلی بودن آن مساوی با استدلالی بودنش نیست. «ولایت فقیه» در انسجام دینی و فقهی، بدیهی ثانوی است و در چهارچوب فطریات (قضایا قیاساتها معها) قابل تبیین است. «بداهت»، هم از نظر تاریخی و هم از نظر رتبی (روش شناسی) مقدم بر استدلال است و در روش شناسی امام خمینی ره اهمیت بسیاری دارد؛ اما بیشتر پژوهشگران از این اصل مهم در معرفت شناسی و روش شناسی ولایت فقیه غفلت کرده اند. بداهت در بیان امام خمینی ره منطبق با کاربرد اصطلاحی و منطقی است. ادبیات ولایت فقیه را می توان به دو بخش تقسیم کرد: پیشااستدلال، شامل فقه روایی و قرون اولیه فقه فتوایی؛ پسااستدلال در فرایند تاریخی، بر اثر تأملات و شبهات، بر کمیت و کیفیت ادبیات استدلالی افزوده شد و آثار مستقلی در باب ولایت فقیه به نگارش درآمد؛ اما این به معنای نفی بداهت نیست. در کنار خط فکری بداهت مثبِت، می توان خط فکری ای را شناسایی کرد که بر اساس تصوراتی خاص، به صراحت یا اشاره قائل به بداهت نافی است. بداهت نافی پیشینه طولانی ندارد. بر این اساس تفکیک و تقسیم کار علمی و عملی (اجتماعی، سیاسی) به وضوح ولایت اجتماعی و سیاسی فقیه را نفی می کند. مقایسه بداهت مثبت و نافی نشانگر اهمیت واکاوی تصوراتی است که در سویه اثبات و نفی ولایت فقیه وجود دارد.
