تلاش فکری عمیق و توأم با شهود حکیم ملاصدرا در تحقیقات پیرامون حقیقت هستی، سرانجام او را به نظریه وحدت شخصی وجود رسانید تا آنجا که خود در برخی آثارش خصوصاً رساله عرفانی ایقاظ النائمین همعقیده با عرفا بصراحت بر لزوم باور به وحدت شخصی وجود اذعان نموده است. او در تبیین عرفانی این نظریه در ساحت هستی شناسی، از رهگذر مباحثی همچون اصطلاح شناسی وجود، بیان رابطه میان وجود و ماهیت، شرح اعتبارات ماهیات هم از حیث تعین فی نفسه و هم از حیث تنزل وجودی آنها ابتدا نظریه وحدت تشکیکی وجود را طرح و نکات ظریفی را در مفاد این نظریه بیان مینماید و سپس از طریق برهان عدمی بودن ازلی و ابدی ممکنات، با بیانی عرفانی به تبیین وحدت شخصی وجود نظر میکند و در نهایت نتیجه میگیرد که وحدت و یگانگی موجودات در ذات وجودی خود، نه وحدت و اشتراک سنخی بلکه وحدت شخصی و سریانی است. از نظر او، وجود حقیقی مختص به وجود خدای تعالی است و ممکنات همگی ظهور، نمود و شئون اوصاف وجود حقند و نسبت به آن، وجود ظلی و قیام سایه وار دارند.
